Geboren in Eberswalde als Tochter des Journalisten Werner Höfer wuchs sie in Köln auf. Von 1963 bis 1964 absolvierte Candida Höfer in dem renommierten Fotostudio Schmölz-Huth in Köln ein Volontariat und studierte im Anschluss daran bis zum Jahre 1968 an den Kölner Werkschulen. Nach einer kurzen fotografischen Praxis in Hamburg nahm sie 1973 ein Studium an der Kunstakademie Düsseldorf auf. Von 1976 an war sie Schülerin von Bernd Becher. 1982 schloss sie ihr Studium ab. Von 1997 bis 2000 hatte sie eine Professur für Fotografie an der Hochschule für Gestaltung in Karlsruhe inne.

Candida Höfer gehört zu den international anerkanntesten deutschen FotokünstlerInnen. Neben Andreas Gursky, Thomas Struth, Thomas Ruff, Axel Hütte und anderen gehört sie zu der Gruppe von Becher-Schülern, die zur internationalen fotografischen Avantgarde der Gegenwart gehören.

Zu Beginn ihrer künstlerischen Arbeit fotografierte Candida Höfer noch Menschen. So erstellte sie eine Dokumentation über türkische Migranten in Deutschland. Bekannt wurde sie allerdings mit den Fotografien von Innenräumen, mit denen sie schon in den 1980ern begann. Sie schuf umfangreiche Serien zu öffentlichen Räumen wie Hörsälen, Konzert- und Sporthallen, Cafés, Museen aber auch Zoologischen Gärten und anderen Innenräumen. Bezeichnend für die Aufnahmen ist die Abwesenheit der Benutzer. Menschen erscheinen hier nur als abwesend, sind sie doch in der Realität der abgelichteten Räume gerade kennzeichnend für deren Funktion. Die von Höfer dokumentierten Räume erhalten in ihren Farbfotografien eine ganz eigene Präsenz, die über die funktionale Bedeutung der Räume hinausgeht. Ulf Erdmann-Ziegler bescheinigte Candida Höfers Innenräumen in der Frankfurter Rundschau einen Eindruck von „Zeitlosigkeit und Unverrückbarkeit“. Im Unterschied zu ihren Lehrern Bernd und Hilla Becher, auch anders als Gursky und Struth, benutzt sie keine Großbildkamera.

Candida Höfer nahm im Jahre 2002 an der documenta11 in Kassel teil und vertrat neben Martin Kippenberger Deutschland auf der 50. Biennale in Venedig 2003.

Candida Höfer lebt und arbeitet in Köln.